本申请公开了一种基于两次诱导萌发杀灭食品中芽孢的方法及其应用。该杀灭食品中芽孢的方法包括:采用KCl作为芽孢萌发剂,通过两次诱导萌发过程使食品中的芽孢充分萌发,之后在100℃以下将已萌发的芽孢完全杀灭。本申请的方法不仅显著提升了食品中芽孢的萌发效率和杀灭效果,还可以避免食品因高温杀菌造成的营养和风味的破坏,并契合了食品工业对食品低盐化的要求。