内地与港澳合作办学高校的办学自主权运行存在立法保障体系松散、行政服务机制不善、纠纷解决方式单一等问题,对内地与港澳高等教育的深度合作有所掣肘。根据法的运行理论,可从立法、行政、法律救济三个维度提供法治保障。首先,从完善综合性授权立法制度、制定专门性文件以及推进跨境合作办学的常态化规划等路径健全立法保障体系。其次,从强化行政支持力度以及建立部门协调机制等方式完善行政管理机制。最后,综合运用教育申诉、复议、诉讼制度健全法律救济机制。