不同DNA聚合酶对运用ARTIC工作流的新型冠状病毒纳米孔测序的影响

作者：李瑾慧; 李沛翰; 林彦锋; 王凯英; 李利忠; 邱少富; 李鹏; 宋宏彬; 贾雷立^*

来源：现代生物医学进展, 2021, 21(13): 2401-2405.

DOI：10.13241/j.cnki.pmb.2021.13.001

• 新型冠状病毒
• 高保真DNA聚合酶
• 纳米孔测序
• ARTIC工作流

目的:为了验证不同高保真DNA聚合酶是否会对运用ARTIC工作流进行新型冠状病毒纳米孔测序产生影响。方法:使用英国Nanopore公司MinION测序仪对2份已获得全基因组序列的新冠肺炎确诊病例核酸样本分别采用KAPA Hi Fi HotStart ReadyMix,PrimeSTAR?GXL DNA Polymerase和NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix进行ARTIC工作流的多重PCR扩增,对扩增产物进行测序,并对测序质量进行分析。结果:不同高保真DNA聚合酶在相同扩增条件下,扩增产物的质检结果和测序质量均不相同,NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix在覆盖度和测序深度上明显好于另外两种酶。结论:NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix在纳米孔新型冠状病毒ARTIC快速测序工作流中的应用效果较好。