本发明公开了一种基于WFA算法的第三代测序RNA-seq比对方法,该方法通过获取包含目标序列和查询序列的数据集；然后对参考基因组进行索引；以及区域选择和图映射；查找k长子字符串的最长公共子序列LCSk,再进行锚点过滤和锚点比对；引入注释文件获得比对结果,最后对比对结果进行评估。实验证明,本发明的方法有效地提高了序列比对的准确性,尤其是剪接位点比对的准确率,同时一定程度减少比对时间。
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