基于限制位点相关的DNA(RAD)测序技术检测甜菜多态性

作者：刘蕊; 董宇飞; 刘乃新^*; 吴玉梅

来源：分子植物育种, 2020, 18(15): 5020-5029.

DOI：10.13271/j.mpb.018.005020

• 甜菜(Beta vulgaris L.)
• 限制性位点相关DNA
• SNP
• 遗传多样性

甜菜是一种重要的糖料作物,占世界糖来源的1/3。甜菜品种改良的主要障碍是其遗传变异小、遗传资源有限。在本研究中,我们使用限制性位点相关DNA (restriction-site-associated DNA, RAD)测序技术,在全基因组范围内搜寻20种甜菜基因型的SNPs和SSRs。根据有效限制性酶切片段(restriction fragment, RF)的GO注释,发现7 144个与"生物过程"有关,4 378个与"细胞组份"有关,3 763个与"分子功能"有关。采用多重比对方法,鉴定出甜菜含有38 884 682 SNP位点。这些SNP成功地揭示了甜菜基因型间的遗传关系。此外,在RAD酶切序列中也鉴定出了17 916个SSR位点。甜菜基因组中最常见的SSR序列为二核苷酸(6 019, 33.60%),其次是单核苷酸4 321 (24.11%),再次是三核苷酸3 597 (20.07%)。RAD测序技术使甜菜分子标记的快速全基因组发现成为可能。本研究所鉴定的大量SNP和SSRs位点,对构建甜菜高密度遗传连锁图谱、QTL分析、标记辅助选择和比较研究具有重要意义。

• 单位
  东北林业大学; 黑龙江大学; 青海大学农牧学院; 青海省农林科学院; 生命学院