西洋参EST资源的SSR信息分析

作者：杨维泽; 金航; 赵振玲; 杨美权; 张金渝

来源：西南农业学报, 2011, (01): 275-278.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2011.01.041

• 西洋参
• EST
• SSR信息 Panax quinquefolium L.
• EST
• SSR information

为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其...

• 单位
  云南省农业科学院药用植物研究所