蔓赤车叶绿体基因组结构及系统进化分析

作者：颜丽; 杨雪莲^*; 吴永飞; 王霞; 胡小京

来源：生物工程学报, 2023, 39(07): 2914-2925.

DOI：10.13345/j.cjb.220830

• 蔓赤车
• 叶绿体基因组
• 简单重复序列
• 密码子偏好性
• IR区边界分析
• 系统发育

蔓赤车(Pellioniascabra)属于荨麻科赤车属，是一种具有高营养价值的优质野菜。本研究以蔓赤车为材料，基于高通量技术方法完成叶绿体基因组测序、组装注释、结构解析及构建系统发育树，以此深入研究蔓赤车叶绿体基因组特征。结果表明，蔓赤车叶绿体基因组大小为153 220 bp,GC含量为36.4%，属于典型的四分体结构。共注释到130个基因，其中85个蛋白编码基因，37个转运RNA基因，8个核糖体RNA基因；其中，有15个基因包含1个内含子，2个基因包含2个内含子，rps12存在反式剪接情况。蔓赤车叶绿体基因组可分为光合作用(43个)、自我复制(64个)、其他编码蛋白(7个)以及未知功能(4个) 4大类基因。蔓赤车叶绿体基因组共检测出51 073个密码子，其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大，密码子偏向使用A和U两种碱基。检测到72个简单重复序列位点，其中有58个单核苷酸、12个二核苷酸、1个三核苷酸和1个四核苷酸4种不同类型的简单重复序列(simple sequence repeats, SSRs)。蔓赤车IRb/SSC边界存在ycf1基因扩张现象。系统进化树显示，蔓赤车(PellioniascabraOL800583)与庐山楼梯草(Elatostemastewardii MZ292972)、盘托楼梯草(Elatostema dissectum MK227819)、光叶楼梯草(Elatostema laevissimum var.laevissimumMN189961)亲缘关系最密切。基于蔓赤车叶绿体基因组的研究，旨在为蔓赤车物种鉴定、遗传进化及基因组学研究奠定理论基础。

• 单位
  贵州大学