基于网络传播算法预测蛋白质相互作用网络的方向性

作者：赵巧君; 焦雄^*

来源：太原理工大学学报, 2021, 52(04): 677-682.

DOI：10.16355/j.cnki.issn1007-9432tyut.2021.04.023

• 网络传播算法
• 人类PPIs网络
• 信号流的方向
• PPI权重
• 有向的PPIs
• 无向的PPIs

为了进一步理解生命运行的机制,有必要预测蛋白质相互作用的方向性,提出了一种改进的网络传播算法,结合蛋白质语义相似性度量和重叠聚类算法来推断人类的蛋白质相互作用(PPIs)网络的方向性。针对人类PPIs网络,算法获得了1 664对无向的PPIs(属于蛋白质复合物或不涉及信号流传播的PPIs)和2 556对有向的PPIs(涉及信号流的传播)。在评估结果中,预测的无向PPIs中具有显著生物学意义的PPIs占95.79%;预测的有向PPIs的AUC为0.813.对于人类PPIs网络,算法对无向PPIs的区分以及有向PPIs方向的判定均获得了较好的结果,为人类PPIs网络的进一步研究提供线索与思路。

• 单位
  太原理工大学; 生物医学工程学院