基于马尾松转录组测序的产脂相关SNPs初步分析

作者：吴志铭; 冯源恒; 杨章旗^*

来源：广西林业科学, 2020, 49(02): 157-160.

DOI：10.19692/j.cnki.gfs.2020.02.001

• SNPs
• 转录组测序
• 马尾松
• 基因

为明确与产脂紧密相关的SNP分子标记在马尾松(Pinus massoniana)育种中的适用性,加快产脂性状遗传改良,基于马尾松高产脂无性系与普通产脂无性系3个组织(顶芽、针叶和韧皮部)的转录对数据进行基因表达分析,并开发ESTSNP标记,为产脂性状的分子标记辅助选择提供适合标记。通过对2 329个差异表达序列进行筛选,在374条Unigene中检索到2 192个SNP位点。韧皮部独有、针叶与韧皮部共有及3个组织共有的Unigene 125条。转换和颠换分别占61.59%和38.41%。通过GO分类,参与生物过程、细胞成分和分子功能的Unigene分别为93、49和92条;在KEGG注释中,新陈代谢通路的Unigene最多,有21条。数据显示GO分类和KEGG通路的注释结果一致,相关基因主要参与代谢过程。进一步开发SNP标记,可为马尾松产脂性状候选基因关联分析提供理想工具。

• 单位
  广西师范大学; 广西壮族自治区林业科学研究院; 生命科学学院