肺炎支原体多位点SNP基因分型方法的建立与应用

作者：刘立雍; 龚杰; 徐娟; 何利华; 孟凡亮; 张建中; 赵飞^*

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(04): 382-391.

DOI：10.13350/j.cjpb.200403

• 肺炎支原体
• 基因分型
• SNP

目的基因分型技术是研究肺炎支原体(MP)抗原变异和流行暴发的重要手段,本研究拟建立一种适用于我国MP菌株的新型多位点SNP基因分型技术(以下称新SNP分型法)。方法对69株MP全基因组序列使用SNP stats软件获取全部SNP位点。使用连续体外传代10代的18株MP菌株对初筛的34个SNP位点进行稳定性验证,使用40株MP临床株进行SNP位点区分能力验证,建立多位点SNP分型方法。选取160株MP国内菌株进行SNP分型、传统两种基因分型、MLVA分型以及现有4种SNP分型方法的比较。结果最终选取的6个SNP位点组合可将MP分成SNP-00～SNP-64共65种基因型,其中SNP奇数型对应传统type1基因型MP,SNP偶数型对应传统type2基因型MP。160株国内MP菌株经本研究建立的SNP分型方法分为14个基因型,其分型结果与type1和type 2两种基因型一致性为100%(160/160)。MLVA方法分为4种基因型,传统SNP分型方法(以下称SNP分型法)分为3种基因型。其中35例聚集性病例分离株经新SNP分型法分为SNP-03和SNP-15两种基因型,其余3种方法无法区分。结论本研究建立的并报SNP分型方法能兼容传统两种基因型分型,并且增加了基因型区分能力,对国内MP的分型能力优于现有的多种基因分型技术,可用于我国MP的抗原变迁及区域性流行预警监测以及局部MP爆发的溯源研究。

• 单位
  武汉科技大学; 传染病预防控制国家重点实验室; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所