切花菊耐寒性相关SNP位点挖掘与候选基因分析

作者：范宏虹; 徐婷婷; 苏江硕; 孙炜; 种昕冉; 管志勇; 房伟民; 陈发棣; 张飞^*

来源：园艺学报, 2019, 46(11): 2201-2212.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0450

• 菊花
• 耐寒性
• 全基因组关联分析
• 候选基因

以58份切花菊为试验材料,调查了脚芽期、现蕾期和盛花期叶片以及盛花期舌状花低温半致死温度(LT50),利用全基因组关联分析挖掘耐寒性相关优异等位变异和候选基因。结果表明,切花菊品种不同时期叶片或盛花期舌状花耐寒性变异较大,变异系数均大于25%;通过主效可加互作可乘(AMMI)模型的双标图分析筛选出抗寒性强且稳定性较好的品种‘天使’。基于36737个高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析,共挖掘出24个与耐寒性显著关联的SNP位点(P<0.001),其中有5个、11个和5个SNP位点分别与脚芽期、现蕾期、盛花期叶片耐寒性相关,3个SNP位点与盛花期舌状花耐寒性相关;5个SNP位点的表型效应值小于–4℃,为优异等位变异位点。通过显著性SNP位点所在的SLAF标签序列与菊花转录组数据库进行比对分析,筛选得到5个候选基因,其中CL2042.Contig4_All和Unigene40993_All可能与冷胁迫有一定关联。

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学