基于生物信息学方法筛选肝细胞癌核心生物标志物及预后关联性分析

作者：刘娇阳; 邓成敏; 刘铁; 李永文; 罗娟; 吴凯峰^*

来源：国际检验医学杂志, 2022, 43(03): 332-342.

• 肝细胞癌
• 生物信息学
• 差异表达基因
• 生物标志物

目的利用生物信息学分析技术筛选和鉴定参与肝细胞癌(HCC)进展的核心基因,并评价其在HCC发展及预后中的潜在价值。方法从GEO数据库筛选出HCC基因数据集GSE101685、GSE84402和GSE46408,利用GEO2R对差异表达基因(DEGs)进行分析。采用DAVID数据库构建基因功能注释和通路富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)图,并用Cytoscape进行可视化分析,筛选出关键模块并获得核心基因。使用cBioPortal数据库进行生存分析。通过ONCOMINE数据库分析核心基因与HCC进展的关系。结果在3个基因数据集中共筛选到261个DEGs,其中上调基因124个,下调基因137个。KEGG分析结果表明,DEGs主要参与细胞周期、DNA复制、视黄醇代谢等通路。PPI分析鉴定出10个核心基因,其中OIP5、HGFAC、FLVCR1与HCC分级、卫星结节和血管浸润有关,FLVCR1与患者生存情况有关。结论该研究成功筛选出与HCC相关的DEGs和核心基因,其中OIP5、HGFAC、FLVCR1有望成为HCC诊疗和预后的生物标志物。

• 单位
  遵义医科大学; 遵义市第一人民医院; 中心实验室