福柯意识形态论区别于传统意识形态理论的独特性至少体现在三个方面。第一,形成了独特的意识形态批判的方法:知识考古学和谱系学;第二,揭示了科学与知识实为意识形态运作的材料或工具;第三,在微观层面发现了权力这个推动力量实施意识形态运作的具体过程。秉承后现代主义认识论原则,福柯意识形态论揭开了许多被传统宏大叙事和形而上学的认识论原则长期遮蔽的事情真相。但吊诡的是,他用于批判现代性及传统意识形态理论的武器,反过来又将自己拉入到另一种形而上学困境而令人质疑。