公立医疗机构法人治理的目的是通过委托代理的关系建构来实现国家资产所有权与管理权的分离以增强其经营自主性,但在这一关系所形成的治理结构中存在着由自利行为与信息不对称所诱致的双向道德风险与监督失效的可能,这一代理困境源于委托代理环闭中责任次序的环节存在漏洞,这需要通过建构国家层面的民主政治、家庭医生的信息代理机制、医保参与的利益制衡机制以及公立医疗机构的绩效评价体系来化解。但在这一过程中,国家需要通过政策工具引导利益关联方的参与来防止治理主体间的共谋行为。