《六祖坛经》与汉文佛教大藏经的关系是《坛经》研究的重要研究领域。《六祖坛经》何时被编入藏,明代南藏本《坛经》被编入藏的过程如何,是当前学界关注的两大问题。从现存资料来看,《六祖坛经》在唐宋时期便已入藏,南宋时期所重刻的"军"字函本便是其中的代表之一。现存明代南藏本《坛经》属于永乐南藏,永乐南藏本是经由净戒校勘的版本。永乐南藏本的底本为初刻南藏本,初刻南藏本亦是由净戒禅师所校出。净戒本《坛经》可能受到洪武六年所刻密庵本一定的影响。