基于生物信息学分析肾透明细胞癌预后相关关键基因（英文）

作者：蒋平; 孙桃桃; 陈存武; 黄仁术; 钟枝梅; 娄新建; 刘港; 汪林; 左瑞华^*

来源：Chinese Medical Sciences Journal, 2021, 36(02): 127-134.

• 肾透明细胞癌
• 生物信息学分析
• 差异表达基因

目的识别与肾透明细胞癌预后相关的关键基因。方法基于生物信息学分析技术对GEO数据库中的62个肾透明细胞癌样本和54个正常肾组织的数据集(GSE12606,GSE36895和GSE66272)进行分析。首先在GEO2R和J Venn网站上获取差异表达基因基因,之后采用GO和KEGG对基因进行功能注释;在使用STRING网站构建PPI网络后,采用Cytoscape软件的MCODE App对核心基因进行筛选;最后利用GEPIA网站分析与生存率有关的核心基因。结果我们共发现648个差异表达基因,包括222个上调表达基因和426个下调表达基因。PPI蛋白网络分析共发现28个表达上调的核心基因,其中7个核心基因(CCNE2,CDK1,CDC6,CCNB2,BUB1,TTK和PTTG1)富集于细胞周期,4个(CCNE2,CDK1,CCNB2和RRM2)富集于p53信号通路。GEPIA生存率分析发现:CDK1,CCNB2,RRM2,BUB1,PTTG1与肾透明细胞癌患者的生存率密切相关。肾透明细胞癌患者BUB1,CCNB2,PTTG1和RRM2等4个关键基因的表达量高于正常人群(P<0.05)。结论 BUB1、CCNB2、PTTG1、RRM2等4个上调差异表达基因可能是肾透明细胞癌患者预后关键预测基因。

• 单位
  皖西学院