禽巴氏杆菌四环素耐药株转录组测序与分析

作者：孔令严; 汪最; 邵华斌; 张腾飞; 卢琴; 罗青平^*

来源：中国动物传染病学报, 2019, 27(01): 30-36.

• 禽源多杀性巴氏杆菌
• 转录组测序
• GO功能分析
• KEGG功能分析
• ARDB注释

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(avian Pasteurella multocida,Pm)四环素(Tetracycline,Tet)敏感株与耐药株(MIC=32μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Tet敏感株与耐药株进行双向测序,通过GO、KEGG和ARDB数据库对表达差异基因进行注释和富集性分析。结果显示,共筛选出442个差异表达基因,其中包括103个上调基因和339个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数富集于核糖体结构成分、rRNA结合、跨膜运输和离子转运等生物过程;对差异表达基因进行信号通路富集性分析,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与核糖体代谢途径中;对差异表达基因进行耐药基因注释(ARDB),发现其中的耐药基因主要为核糖体保护蛋白和外排系统两类。本研究表明禽源Pm对四环素耐药的耐药机制可能与细胞膜上ABC转运蛋白的过量表达以及核糖体保护蛋白有关。

• 单位
  湖北省农业科学院畜牧兽医研究所; 农业部