探针导向重组酶介导等温扩增法检测MTB rpoB基因突变的应用价值

作者：李鑫娜; 申辛欣; 王瑞白; 段素霞; 张瑞卿; 王瑞欢; 白雪丁; 凡国豪; 王金荣; 高源; 陈子巍; 马学军^*

来源：中国防痨杂志, 2020, 42(05): 481-488.

• 核酸扩增技术
• 重组酶
• 结核分枝杆菌
• 基因

目的建立可快速检测MTB rpoB基因516位点突变的探针导向重组酶介导等温扩增法(probedirected recombinase amplification,PDRA)。方法设计4条探针[1条野生型探针(P-W)及3条突变型探针(P-GGC、P-GTC、P-TAC)]和1条共同的下游引物,分别构建TB-516-W、TB-516-GGC、TB-516-GTC和TB-516-TAC4种检测体系,在39℃条件下恒温扩增40 min。通过阳性阈值时间判定MTB rpoB基因516位点是否发生突变及其突变类型;通过同一探针检测对应的重组质粒确定该检测体系的敏感度;通过不同探针检测某一种重组质粒,根据阳性阈值时间确定该检测体系的特异度。应用建立的PDRA方法检测6株利福平耐药MTB菌株和35份MTB培养阳性的痰标本,并与一代测序结果进行比较。结果 4种检测体系检测对应重组质粒的敏感度为1000拷贝/μl。4种检测体系的特异度良好,探针与靶序列完全匹配时,阳性阈值时间早;探针与靶序列不完全匹配时,阳性阈值时间晚,具有稳定的阳性阈值时间差值,体系TB-516 W,TB-516-GGC,TB-516-GTC和TB-516-TAC的阳性阈值时间差值分别为7.0、5.8、10.0、7.0 min。PDRA检测6株MTB利福平耐药菌株和35份MTB培养阳性痰标本的结果与测序结果一致。结论本研究初步建立了可应用于MTB利福平耐药rpoB基因516位点突变检测的PDRA方法,该方法检测敏感度高,特异度好,具有一定的实验室应用价值。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所; 中心实验室