无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术

作者：赵烨; 赵亚玲; 周军; 郑直^*

来源：基础医学与临床, 2018, 38(11): 1577-1582.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2018.11.023

• 无创性样品
• 核酸提取
• SNP基因分型

目的介绍一种无创性免核酸提取的样品前处理方法,结合高通量基因分型技术,为大规模流行病学监测及遗传学分析提供新的技术手段。方法无需核酸提取,直接裂解唾液或口腔拭子样品,加入带有通用尾部序列的多个寡核苷酸特异探针,通过夹心杂交将样品中的靶DNA捕获到96孔板中,利用基于延伸连接的多重探针扩增(MELPA)技术及核酸飞行质谱(MassARRAY)实现多重单碱基突变(SNP)检测。以具有抗疟药物(伯氨喹)诱导溶血风险的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)的23个SNP突变检测作为应用对象,测试唾液样品的反应条件。通过与商业化SNP测定的基于核酸飞行质谱的多重SNP分型技术(iPLEX)进行比较,评估该方法的准确性,重复性和可靠性。结果本方法可成功的对G6PD的23个SNP进行分型,40μL唾液或1个口腔拭子样本足够进行2个检测。36 h内(手工操作时间约2 h)可完成384个样品检测分析。其检测结果与测序结果一致,重复性较好,可靠性高,准确度优于传统的以血液为样品的iPLEX方法。结论建立了适用于高通量的无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术,为大规模基因分型筛查提供了一个高效、准确的方法。

• 单位
  中国医学科学院基础医学研究所; 北京协和医学院