油用牡丹脂肪酸脱氢酶基因FAD3密码子偏好性分析

作者：张加强^*; 刘慧春; 朱开元; 周江华; 谭晨

来源：分子植物育种, 2019, 17(17): 5569-5577.

DOI：10.13271/j.mpb.017.005569

• 油用牡丹
• 脂肪酸脱氢酶
• 密码子偏好性
• 聚类分析

本研究以油用牡丹的脂肪酸脱氢酶FAD3基因为研究对象,运用Codon W和CUSPS等研究FAD3基因的密码子使用偏好性及组成特征。研究表明,油用牡丹FAD3基因的ENc值为55.58,该基因密码子选择偏性较弱,GC含量为0.457,密码子第3位碱基的GC含量为0.420,油用牡丹FAD3基因有18个偏好使用的密码子,其中约72.22%(13个)的密码子以A/T结尾;聚类结果分析表明,基于FAD3基因密码子相对使用度RSCU和CDS序列的分类结果一致,均能将单子叶植物和双子叶植物区分开;与大肠杆菌、酵母、拟南芥和烟草的基因组密码子使用偏好性比较,油用牡丹与烟草基因组密码子的使用偏性更为接近,烟草更适合作为FAD3转基因的受体。本研究结果为FAD3基因选择适合的受体和提高该基因的表达水平提供参考依据。