5株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组测序及分析

作者：顾瑞恒; 常亚飞; 李天宇; 谭菲菲; 王同燕; 李向东^*; 田克恭^*

来源：中国兽医学报, 2020, 40(11): 2100-2107.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.11.04

• PRRSV
• 类NADC30
• 遗传演化分析
• 重组分析

为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的基因组变化情况与分子流行病学特征,对本实验室已鉴定为类NADC30阳性样品进行全基因组测序,共得到5个类NADC30 PRRSV全基因组,并依次命名为180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5。对5株类NADC30毒株的NSP2蛋白进行氨基酸序列比对结果表明:与VR2332株对比,5株毒株在NSP2蛋白322～432,483,504～522位均存在111+1+19个氨基酸的不连续缺失,与已报道类NADC30毒株的缺失特征相同。其中,180546-27毒株在NSP2蛋白除具有与NADC30相同的氨基酸缺失以外,在毒株NSP2蛋白中位置18～23,805～806含有额外的6+2个氨基酸缺失。核苷酸同源性分析结果表明:180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5全基因与CH-1a(谱系8)的核苷酸同源性分别为93.3%,84.8%,86.0%,83.9%和84.4%;与JXA1(谱系8)的同源性分别为96.6%,84.4%,86.3%,83.1%和84.0%;与NADC30(谱系1)的同源性分别为85.7%,93.4%,91.9%,93.7%和93.8%;与QYYZ(谱系3)的同源性分别为86.5%,82.4%,83.0%,81.6%和82.0%;与VR2332(谱系5)的同源性分别为89.0%,85.2%,85.3%,85.0%和85.3%。对ORF5基因和全基因组遗传演化分析表明:180049-1毒株属于谱系8,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5毒株属于谱系1中的类NADC30亚群。重组结果表明,180450-1可能由NADC30与VR2332样毒株重组而来,而180049-1,180770-16,180546-27,180253-5可能由NADC30与HP-PRRSV样病毒重组而来。本试验结果为PRRSV流行株的重组、演化分析和防控提供借鉴意义。

• 单位
  河南农业大学