独行菜抗逆相关转录因子LaDREB密码子偏性与进化分析

作者：周茜; 陈芸; 卢函; 王玉州; 王继莲; 赵惠新

来源：江西农业大学学报, 2020, 42(06): 1237-1249.

DOI：10.13836/j.jjau.2020138

• 独行菜
• DREB转录因子
• 密码子偏性
• 聚类分析

【目的】为明确独行菜抗逆相关转录因子LaDREB基因密码子的使用特性。【方法】运用CodonW与EMBOSS程序及Excel、SPSS、MEGA等软件,分析了独行菜与其他物种中抗逆相关转录因子DREB基因的密码子使用偏好性,比较了独行菜LaDREB基因与模式生物的密码子使用频率。【结果】独行菜LaDREB基因的ENc(有效密码子数)、CAI(密码子适应指数)和GC含量分别为50.49、0.261和45.60%,表明其密码子使用偏性较弱,密码子偏好使用AT结尾;根据RSCU值,确定独行菜LaDREB基因高频密码子11个;不同物种间的DREB基因的密码子存在一定选用偏好性;CDS序列及RSCU聚类分析表明,独行菜LaDREB基因与双子叶植物中十字花科的植物偏好性最相近;密码子碱基成分和相关性分析发现,LaDREB基因在进化过程中密码子偏好性主要受碱基突变压力的影响。【结论】比较密码子使用频率分析发现,原核生物大肠杆菌表达系统更适合作为独行菜LaDREB基因的异源表达受体,模式植物拟南芥、水稻均可作为独行菜LaDREB基因的遗传转化受体,其中拟南芥是其最理想的遗传转化受体。研究为今后独行菜LaDREB基因的异源表达以及相关基因功能的进一步研究提供重要参考。

• 单位
  生命科学学院; 新疆师范大学; 和田师范专科学校; 喀什大学