本发明公开了一种低表面能疏水性牙科用树脂及其制备方法。本发明以氟二元醇和二异氰酸酯以及(甲基)丙烯酸异氰酸基乙酯分两步反应制备出含氟(甲基)丙烯酸酯预聚体,再将含氟(甲基)丙烯酸酯预聚体、低粘度(甲基)丙烯酸酯活性稀释剂、光引发剂和促进剂经光引发聚合制备低表面能疏水性牙科用树脂。本发明所述牙科树脂基体较目前商业使用的牙科树脂基体而言有较低的表面能及较大的疏水性,可以有效减少微渗漏以及细菌在其表面的黏附,达到降低继发龋发生率的目的。