杧果E2F/DP转录因子家族生物信息学分析

作者：高庆远; 孙宇; 刘志鑫; 蒲金基; 杨石有; 张贺

来源：分子植物育种, 2022, 1-20.

• 杧果
• E2F/DP转录因子
• 生物信息学

E2F/DP转录因子是真核生物中细胞周期进程的关键调节因子，与植物激素共同发挥着重要的调控作用。以杧果全基因组为供试参考基因组，用生物信息学软件预测E2F/DP转录因子家族基因成员，并分析其理化性质、保守结构域、保守基序、进化关系，结合实时荧光定量PCR测定杧果细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae， Xcm)、胶孢炭疽菌(Colle totrichum gloeosporioides， Cg)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate， MeJA)和水杨酸(salicylic acid， SA)处理下基因表达量。结果表明，杧果全基因组中有8个E2F/DP转录因子，命名为MiE2Fs。保守结构域预测发现MiE2F1～5均含有E2F＿DD，MiE2F7和MiE2F8同时包含两个E2F＿TDP保守结构域；二级结构预测发现E2F/DP家族蛋白质二级结构相似，无规则卷曲和α-螺旋是MiE2F1～8蛋白二级结构主要元件，其次是延伸链和β-转角；保守基序预测发现杧果有1个高度保守的基序Motif1；基于杧果和大豆、烟草、毛果杨、拟南芥、阿月浑子、葡萄的E2F/DP基因蛋白质序列构建系统发育树，发现杧果E2F/DP基因与阿月浑子、葡萄亲缘关系接近；杧果细菌性黑斑病菌(Xcm)和胶孢炭疽菌(Cg)侵染过程中，MiE2F4、MiE2F5、MiE2F6的表达量显著上调。茉莉酸甲酯(MeJA)胁迫处理下，MiE2F7表达量显著上调，其余基因均下调，水杨酸(SA)胁迫处理下，从6h开始，各个基因的表达量都在逐步上调。以上研究结果，可为探究杧果E2F/DP基因参与的植物防御反应机制奠定基础。

• 单位
  中国热带农业科学院环境与植物保护研究所; 海南大学