基于上皮-间充质转化相关基因转录组测序构建结直肠癌新型预后风险评分模型及列线图

作者：黄朔阳; 杨超; 曹峰瑜; 何小波; 郑勇斌^*

来源：中华实验外科杂志, 2022, 39(02): 355-358.

• 结直肠癌
• 预后
• 生物标志物
• 上皮-间充质转化

目的探讨上皮-间充质转化(EMT)关键基因与结直肠癌(CRC)预后的关系, 构建个体化预后风险评分模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取416例和532例信息完整的CRC样本数据, 从基因集富集分析(GSEA)数据库下载200个EMT相关基因。分析TCGA的测序数据得到肿瘤和正常组织中的差异表达基因, 与EMT基因集取交集得到62个差异表达的EMT基因, 包括23个上调基因, 39个下调基因。通过单因素Cox分析筛选出7个预后相关基因。进一步通过最小收缩与选择算子(LASSO)回归筛选出4个预后价值最高的基因构建风险评分模型。根据评分模型将患者分为高、低风险组, Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对EMT风险评分模型进行验证, 分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析计算风险评分模型的风险死亡比。依据风险评分模型和临床病理特征构建临床列线图。高、低风险组间比较生存差异采用Log-rank检验。结果 TCGA下载的CRC样本信息经过分析得到4个与预后相关的EMT基因[胶原C-蛋白酶增强剂2(PCOLCE2)、催产素受体(OXTR)、脑源性神经营养因子(BDNF)以及丝氨酸蛋白酶抑制剂E家族1(SERPINE1)], 用于构建风险评分模型, 低风险组的总生存优于高风险组, 差异有统计学意义(χ2=13.9, P<0.01), ROC曲线提示风险评分模型具有良好的准确性, 1、3、5年曲线下面积(AUC)分别为0.815、0.863、0.870。GEO数据集验证风险评分模型的预测能力, 高、低风险组的生存差异有统计学意义(χ2= 8.4, P<0.01)。单因素和多因素分析结果显示风险评分模型是独立的预后因子。列线图可有效评估CRC患者1年、3年和5年的预后。结论基于EMT关键基因的风险评分模型可以准确预测CRC患者的总生存期, 基于该模型的列线图有助于评估患者的预后。

• 单位
  武汉大学人民医院