华山新麦草Ns基因组特异序列的克隆及分子标记的建立

作者：张洁; 蒋云; 郭元林; 李耀华; 王颖; 宣朴

来源：农业生物技术学报, 2017, 25(09): 1391-1399.

• 华山新麦草
• 随机扩增多态性DNA(RAPD)
• 反转录转座子
• 分子标记

华山新麦草(Psathyrostachys huashanica)是我国特有的物种,表现出多种抗病以及抗逆性状。为建立华山新麦草Ns基因组特异的分子标记,本研究利用204余条随机引物对华山新麦草、普通小麦的基因组DNA进行随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)标记分析,其中随机引物OP-D15和OP-F19能在华山新麦草的基因组DNA中稳定扩增出特异的DNA片段,长度分别为1 106和1 344 bp,分别命名为Psh-D15和Psh-F19。经序列比对分析发现,Psh-D15和Psh-F19分别属于Gypsy类型和Copia类型的反转录转座子序列。随后根据其与小麦中同源序列的比对结果,在二者低同源区设计了两对特定序列扩增(sequence characterized amplified regions,SCAR)引物Psh-D15 F/R和Psh-F19 F/R,并利用其同时对华山新麦草、山羊草属(Aegilops)、簇毛麦属(Dasypyrum)、赖草属(Leymus)、偃麦草属(Elytrigia)、冰草属(Agropyron)、大麦属(Hordeum)、黑麦(Secale)、乌拉尔图小麦(Triticum urartu),硬粒小麦(Triticum durum),以及普通小麦(Triticum aestivum)的基因组DNA进行PCR扩增,以检验其有效性和特异性。结果表明,两对引物均只在华山新麦草的基因组DNA中扩增出了目标条带,表明这两个SCAR标记是华山新麦草的Ns基因组所特有的,分别命名为Psh-D15270和Psh-F19558。新的Ns基因组特异SCAR标记Psh-D15270和Psh-F19558的开发为小麦-华山新麦草杂种材料的分子鉴定提供了新的有力工具。

• 单位
  四川省农业科学院农产品加工研究所; 农业部; 四川省农业科学院生物技术核技术研究所