关于褚伯秀《南华真经义海纂微》的版本,张京华认为《四库全书》本底本与《道藏》本来源不一;方勇认为二本微有差别,《四库全书》本底本来源于《道藏》本。通过详细的异文对比、分析可知,张文对二本异文存在误读,两者版本系统实际上是一致的。张京华认为《四库全书》本据以校正的"别本"不确定是否存在,通过"各依所据本"体例的考察可知,"别本"确实存在,否则不大可能形成众多异文;且"别本"应该不是某一个具体的本子,而是除《四库全书》本底本以外其他版本的统称,包括《道藏》本在内。