利用WGCNA鉴定甘蓝型油菜低温胁迫的基因共表达网络

作者：秦梦凡; 李浩东; 左凯峰; 郭娜; 徐宇; **; 徐爱遐^*

来源：中国油料作物学报, 2020, 42(04): 554-562.

DOI：10.19802/j.issn.1007-9084.2020152

• 甘蓝型油菜
• 冷驯化
• 冷休克
• 加权基因共表达网络

为了解甘蓝型油菜受低温胁迫时的共表达网络,运用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)方法,利用2个抗冻响应有差别的甘蓝型油菜材料HX17和HX58不同低温处理的36个RNA-seq数据,通过过滤低表达基因,筛选表达水平变异最大的前15 000个基因用于WGCNA分析,共鉴定到16个基因共表达模块。结合转录因子预测、冷相关基因预测、模块基因的gene ontology(GO)富集及表达分析,确定了brown模块为响应冻害胁迫的共同模块、pink模块为HX17耐寒特异性模块,并构建了基因共表达网络,为油菜抗寒/抗冻机制研究提供新的依据。

• 单位
  旱区作物逆境生物学国家重点实验室; 西北农林科技大学