利用生物信息学分析圆锥角膜差异表达基因及蛋白相互作用的研究

作者：曹瑾; 郝静芳; 田川; 童路遥; 张红葵; 杨路; 许素玲^*

来源：现代实用医学, 2021, 33(06): 752-830.

• 圆锥角膜
• 基因表达差异
• 细胞外基质

目的利用生物信息学对圆锥角膜与正常角膜间差异基因进行分析探索圆锥角膜的发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中下载RNA-Seq数据集(圆锥角膜组织样本、正常角膜组织样本各25例),利用R语言limma包筛选圆锥角膜组织和正常角膜组织的差异表达基因(筛选差异基因的标准|logFC|>1.5,adjPvalue <0.05);利用Cluster Profiler进行GO富集分析和KEGG通路分析利用STRING和Cytoscape构建差异基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心基因。结果通过差异分析得到394个差异基因,其中54个基因表达上调,340个基因表达下调;GO分析显示差异表达基因主要参与细胞外基质、细胞外结构组织等生物学过程;KEGG分析显示多条信号通路与T细胞受体信号调控过程相关。PPI网络互作分析筛选出10个核心基因,分别为HLADRA、HLA-C、HLA-DRB5、HLA-F、HLA-DQB1、HLA-DQA2、HLA-DRB1、HLA-B、HLA-DPA1、HLA-DQA1。结论细胞外基质、T细胞受体信号调控等在圆锥角膜发病过程中发挥重要的作用。

• 单位
  宁波大学医学院附属医院