丙酮丁醇梭菌钙离子结合蛋白多样性研究

作者：董雨衡; 毛国涛; 谢慧; 张宏森; 王风芹^*; 宋安东

来源：河南农业大学学报, 2020, 54(02): 254-261.

DOI：10.16445/j.cnki.1000-2340.20200304.001

• 丙酮丁醇梭菌
• 蛋白质组
• 钙离子结合蛋白
• 生物信息学
• 结构域基序

为了探讨钙离子对产溶剂梭菌的影响,通过生物信息学方法对丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutylicum)ATCC824进行蛋白质组学分析,预测可能存在的钙离子结合蛋白(calcium binding proteins,CaBPs)。利用EF手型(EF-hand)、希腊钥匙(Greek key)、β桶状结构(β-roll)、免疫球蛋白质类似蛋白质(Big-like)结构域基序预测丙酮丁醇梭菌蛋白质组中含有钙离子结合区域的蛋白质,建立本地BLAST数据库,通过GO和KEGG数据库分析所预测到的蛋白质。研究最终预测出228个含有相关位点的蛋白质,利用GO注释在生物过程、细胞组分和代谢过程对蛋白质进行了功能分类。KEGG代谢通路分析表明,该类蛋白质主要参与代谢途径、生物抗性基因合成、次级代谢物生物合成和信号传导等过程。

• 单位
  河南农业大学; 生命科学学院