喉鳞状细胞癌的转录组数据分析及生物标志物筛选

作者：王娜娜; 杨川^*

来源：癌症进展, 2021, 19(07): 671-678.

• 喉鳞状细胞癌
• 长链非编码RNA
• 竞争性内源RNA
• 转录因子网络
• DNA甲基化

目的通过数据挖掘分析长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)在喉鳞状细胞癌中的相互作用机制。方法从肿瘤基因图谱(TCGA)中获取喉鳞状细胞癌的lncRNA、miRNA、mRNA表达谱数据及相关临床数据,从TCGA和GEO数据库中获取喉鳞状细胞癌的DNA甲基化数据。进行蛋白相互作用(PPI)、基因文本(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析和Kaplan-Meier生存分析,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络和转录因子调控网络。结果 LINC00278、LINC00689、MYHAS、miRNA-99a和miRNA-301a属于低风险基因(HR﹤1);MNX1-AS1、LINC02575、HOXB-AS4、LSAMP-AS1、LINC02086、IGFL2-AS1、LINC02253、CASC20、miRNA-383、miRNA-196a-2、miRNA-196a-1、miRNA-100和miRNA-4652属于高风险基因(HR﹥1)。ceRNA网络中有11个lncRNA(LINC02576、LINC02086、AC020659.1、LINC00528、LINC00689、HOXB-AS4、MNX1-AS1、LINC00278、AC010624.1、AC016773.1、MYHAS)、5个miRNA(has-miRNA-206、has-miRNA-573、has-miRNA-3662、has-miRNA-133b、has-miRNA-449a)和12个mRNA(STC2、PAX3、NETO2、EIF5A2、ADPRHL1、SYNM、ACTA1、GPR156、CLIC5、BMP3、HNF4A、FOXL2)。MYHAS的共表达mRNA(cor-mRNA)主要富集在钙信号通路、环磷酸鸟苷(cGMP)-cGMP依赖性蛋白激酶(PKG)信号通路和催产素信号通路等。转录因子网络中有9个转录因子(MYOD、RSRFC4、TAL1BETAITF2、YY1、P300、PAX3、PAX5、ZID和OLF1)。喉鳞状细胞癌DNA甲基化分析得到75个甲基化位点,对应高甲基化基因56个,低甲基化基因15个。结论 ceRNA网络并不能完全阐释lncRNA、miRNA和mRNA在喉鳞状细胞癌发生中的作用机制,lncRNA、miRNA和mRNA在喉鳞状细胞癌发生过程中既相互联系又相互独立。筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA为试验验证缩小了范围并提供了理论基础。MYHAS在喉鳞状细胞癌中发挥重要作用,是一个潜在的生物学靶点。

• 单位
  延安大学附属医院; 河北医科大学第二医院; 平昌县人民医院