简要综述水稻育种概况和遗传标记的种类及特点,着重叙述分子标记在水稻遗传多样性、分子连锁图谱构建、分子标记辅助选择、品种纯度鉴定、杂种优势预测及目标基因早期鉴定等研究中的应用,并对分子标记技术在水稻遗传育种研究中的应用前景进行展望。