高等教育规模的不断扩大引致高校内涵式发展改革不断深化,为满足高校内涵式发展要求,校院二级管理模式愈发得到重视。因此,高校应构建科学合理的财务预算管理体系,充分发挥二级学院自主办学能力,积极优化高校内部资源配置。通过分析高校学院财务预算管理存在的问题,设计出基于校院二级管理模式下高校财务预算绩效评价指标体系,提出树立学院财务预算管理理念、理清预算投入、完善学院财务预算绩效指标评价体系、建立科学的内部控制机制、构建财务预算绩效信息化平台等改进建议。