肝癌相关差异表达基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

作者：曹丹; 余乐; 王丽春^*

来源：四川大学学报（医学版）, 2018, 49(06): 899-903.

DOI：10.13464/j.scuxbyxb.2018.06.015

• 生物信息学分析
• 肝癌
• 差异基因表达
• 功能富集

目的建立生物信息学分析筛选肝癌基因芯片差异表达基因的方法,助力肝癌发病分子机制的研究。方法通过R语言软件分析肝癌芯片数据GSE45436中肝癌组织和癌旁组织差异表达的基因,DAVID软件对差异表达基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,String和Cytoscape软件分析关键基因和模块。结果共筛选出375个差异表达明显的基因,其中表达上调和下调的分别有99个和296个。差异基因功能分析主要涉及细胞周期、p53信号通路、补体途径、细胞色素P450代谢通路等。蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络显示拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)可能与肝癌的发生发展最为相关。结论本研究采用基因芯片结合生物信息学方法,构建了肝癌差异表达基因编码的蛋白互作网络。TOP2A可能是肝癌相关的核心基因。

• 单位
  四川大学华西医院