PEG和NaCl胁迫下毛竹萌发种子中环状RNA特征及其表达研究

作者：王晓静; 王涛; 杨凯; 李潞滨^*

来源：南京林业大学学报(自然科学版), 2023, 47(06): 17-24.

• 毛竹
• 种子萌发
• 聚乙二醇(PEG)
• NaCl
• circRNAs

【目的】环状RNA(circRNAs)是一类由转录本反向可变剪接产生的内源非编码RNA,在植物生长发育过程中具有重要作用。通过鉴定毛竹(Phyllostachys edulis)萌发期种子中的circRNAs,探究其在干旱和盐胁迫条件下的表达，为深入开展非生物胁迫条件下竹类植物种子萌发的分子调控机制提供基础。【方法】分别使用聚乙二醇(PEG)和NaCl模拟干旱和盐胁迫，构建H2O、10%(质量分数，下同)PEG、15%PEG、50 mmol/L NaCl和100 mmol/L NaCl处理下毛竹种皮破裂阶段种子的链特异性文库，通过高通量测序和生物信息学分析揭示样本中的circRNAs及其表达谱。【结果】所有样本中共鉴定了1 446个circRNAs, 76.34%的circRNAs来源于外显子区；不同处理下毛竹萌发种子中表达量最高的circRNA分别为plant＿circ＿0001703、plant＿circ＿0001728、plant＿circ＿0000358、plant＿circ＿0001236和plant＿circ＿0001728;与对照相比，524、505、467和474个circRNAs在4个胁迫处理下萌发的种子中显著差异表达；差异表达circRNAs的源基因显著富集在不同的GO条目和KEGG途径中。【结论】1 446个circRNAs能够在毛竹萌发期种子中表达，其中有1 056个circRNAs在种子萌发阶段响应了PEG或NaCl胁迫；作用于酸酐的水解酶活性和鞘脂代谢途径的基因可能对circRNAs调控PEG或NaCl胁迫下的毛竹种子萌发有重要意义。

• 单位
  北京市植物园; 北京农学院; 运城学院; 中国林业科学研究院林业研究所; 林木遗传育种国家重点实验室