基于转录组方法鉴定贵州白山羊肌肉生长发育相关上调基因

作者：安清明^*; 王星; 宋兴超; 孟金柱; 赵园园; 吴震洋

来源：中国畜牧杂志, 2022, 58(11): 157-163.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20211207-01

• 背最长肌
• 生长发育
• 上调基因
• 转录组测序
• 贵州白山羊

肌肉生长发育是影响山羊经济效益的重要经济指标，本研究对不同体重贵州白山羊背最长肌进行转录组测序，筛选鉴定与山羊背部肌肉生长发育相关的上调基因，为提升山羊肌肉生长发育提供一定的理论数据。收集6只不同体重贵州白山羊屠宰性能，提取背最长肌总RNA并进行转录组测序，应用DESeq2软件进行差异表达分析，对筛选出的上调基因进行GO和KEGG信号通路分析，最后用qRT-PCR验证。测序结果经过滤筛选后共获得25 089个表达基因，在体重优势群体中共获得563个显著上调基因，其中94个为新发现基因（转录本）。563个上调基因经GO功能分析发现分为3大类36组，其中生物学过程相关基因占25%，细胞组分相关基因占55.6%，分子功能相关基因占19.4%。KEGG信号通路分析发现这些基因共参与220条信号通路，21条通路显著富集，其中代谢通路和PI3K/Akt信号通路富集最为显著，各包含64个基因和25个基因。从显著上调基因筛选出FGF11、NOTCH1、HBEGF、ADIPOQ基因进行qRT-PCR验证，结果显示4个基因在不同体重群体背最长肌中的表达趋势与转录组测序结果一致，其中FGF11、NOTCH1和ADIPOQ基因在体重优势群体中的表达量显著高于劣势群体。本研究筛选出的差异表达基因可作为改良贵州白山羊肌肉生长发育的候选基因。

• 单位
  铜仁学院