新型冠状病毒关键受体ACE2基因启动子的生物信息学分析

作者：王道^*; 刘丹

来源：湖南师范大学自然科学学报, 2020, 43(05): 30-38.

• ACE2基因
• 启动子
• 5′调控区
• 生物信息学

为探究新型冠状病毒(SARS-CoV-2)关键受体ACE2基因的启动子、CpG岛、转录因子以及SNP位点,从GeneBank数据库获取人ACE2基因组序列和其在染色体的定位信息,并且利用多种生物信息学工具对其上游5′端的启动子、转录因子结合位点、CpG岛、SNP等进行预测和分析。结果表明,人ACE2基因5′调控区2 100 bp区域含启动子序列;Promoter 2.0和NNPP数据库推测其区间分别存在1个、2个启动子;AliBaba 2.1和PROMO数据库预测到其启动子保守区域共同的转录因子结合位点为24个;当设置Relative profile score threshold为95%,JASPAR网站预测到7个潜在的转录因子EOMES的结合位点;此外,EMBOSS,MethPrimer及CpG finder均预测存在1个CpG岛,而且位于282～558 bp,大小为277 bp;SNP function prediction还发现了7个SNP位点。本研究将为SARS-CoV-2的疫苗研制和新药开发提供新的思路。

• 单位
  中南大学湘雅二医院