应用生物信息学数据挖掘探究胱硫醚β-合成酶和胱硫醚γ-裂解酶基因表达在肝癌不良预后中的预测价值

作者：刘子衿^*; 马亚楠

来源：中华肝脏病杂志, 2023, 31(11).

• 肝癌
• 生物信息学
• 数据挖掘
• 胱硫醚β-合成酶
• 胱硫醚γ-裂解酶

目的探究肝癌和胱硫醚β-合成酶(cystathionine β-synthase, CBS)基因及胱硫醚γ-裂解酶(cystathionine-γ-lyase,CTH)基因的关系。方法通过挖掘GEO(gene expression omnibus)与TCGA(the cancer genome atlas)数据库, 对肝癌的临床特征与CBS及CTH基因表达进行了相关性分析。并通过对肝癌细胞系进行免疫印迹验证。结果 CBS及CTH在肿瘤中的表达较非肿瘤明显降低(P < 0.05)。Cox回归结果显示CBS是肝细胞癌不良预后的独立危险因素(HR = 0.65, P = 0.02)。针对CBS基因对不同肿瘤分期进行单因素logistics回归分析, 发现肝癌TNM分期II期比I期(P =0.01, OR=0.50)、III期比I期(P =0.03, OR=0.56)、T分期T2期比T1期(P <0.01, OR=0.43)、T3期比T1期(P = 0.02, OR=0.54)CBS基因显著降低。肝癌TNM分期III期比I期(P = 0.01,OR=0.50), Edmondson分期II期比I期(P =0.03, OR=0.48), III期比I期(P <0.01, OR=0.30), IV期比I期(P = 0.03, OR=0.22)CTH基因表达显著降低。GSEA富集分析结果显示, 与肝癌细胞CTH与CBS基因表达相关性最高的信号通路为细胞色素P450(FDRQ < 0.01, FWERP < 0.01)。免疫印迹结果显示, 与人肝永生化细胞系HL-7702相比, HLE和Hep3B细胞等肝细胞癌细胞系中CTH下游蛋白CSE表达降低。结论肿瘤组织中的CBS及CTH基因表达低于正常组织。CBS基因是肝细胞癌不良预后的独立危险因素。与CBS及CTH基因关系最为密切的是信号通路为细胞色素P450通路。

• 单位
  首都医科大学宣武医院; 首都医科大学附属北京佑安医院