老年患者喉癌预后相关基因探索及预测模型建立

作者：周荧^*; 张志存

来源：老年医学与保健, 2021, 27(06): 1168-1172.

• 老年
• 喉癌
• 预后
• 模型

目的筛选老年喉癌患者喉癌差异表达mRNA以及预后相关m RNA,并构建预后的风险评估模型,为临床决策提供依据。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)公共数据库和基因表达综合(Gene Expression Omnibus, GEO)下载喉癌RNA-Seq和临床信息数据集。通过R软件和相关R包进行统计分析,筛选差异表达的mRNA。提取生存状态和生存时间等相关临床数据,分析mRNA表达量与预后的关系。通过多因素COX分析构建预后评估模型,并通过受试者工作特征曲线(receiver operator characteristic curve, ROC)对模型效能进行评估。结果本研究筛选出在喉癌患者肿瘤组织与正常喉组织中差异表达的1 796个mRNA(|log2FC|>2, FDR<0.05),其中在喉癌组织中表达上调的mRNAs有835个,表达下调的有961个。其中有16个mRNA与患者预后相关。其中13个m RNA为影响预后的危险因素,表达量越高,患者预后越差(Hazard ratio>1,P<0.001);3个m RNA为影响预后的保护因素,表达量越高,预后越好(Hazard ratio<1,P<0.001)。预后评估模型计算公式为:危险评分=CCR8×0.129+CDC20×0.086+TFPI-2×0.096。以中位值为界限区分高和低风险患者。低风险患者预后显著优于高风险患者(P<0.001)。预后风险评估模型ROC曲线下面积为0.797,大于0.6,表明预后风险评估模型效能较好。结论 CDC20、CCR8、TFPI-2在喉癌组织中高表达,与预后不良相关。本研究构建的预后风险评估模型:危险评分=CCR8×0.129+CDC20×0.086+TFPI-2×0.096,效能较好,可准确预测喉癌患者预后情况。

• 单位
  南京医科大学