卵叶远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

作者：罗瑶; 胡本祥; 张晗; 史嘉周; 姬海月; 净易尧; 陈晓颖; 王帮庆; 颜永刚; 赵璠; 李艳茸; 彭亮^*

来源：中草药, 2023, 54(18): 6065-6073.

• 远志
• 卵叶远志
• 叶绿体基因组
• 序列特征
• 系统发育

目的 解析卵叶远志Polygala sibirica叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法 利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA，通过IlluminaHi Seq平台测序，再用Get Cellelle组装叶绿体基因组，通过MEGA11构建邻接法（neighbor-joining,NJ法）系统发育树。结果 卵叶远志的叶绿体基因组全长165192bp,GC含量为36.70%，共编码124个基因，其中包含8个rRNA基因、42个tRNA基因和74个蛋白编码基因；相对同义密码子使用度显示，67.29%的密码子的使用度>1，密码子偏好A、T结尾；共检测到287个简单重复序列（simple sequence repeats,SSR），其中以单核苷酸重复次数最多，占80.61%，单核苷酸主要由A和T组成，这表明在碱基形成过程中A和T被频繁使用；边界分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组边界较为稳定，卵叶远志、香港远志P. hongkongensis、远志P. tenuifolia、瓜子金P. japonica和合叶草P. subopposite基因结构存在相似性；变异分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组变异幅度较小；系统发育分析结果显示，卵叶远志、香港远志、瓜子金、远志、合叶草和西南远志P. crotalarioide因较高的支持率可聚成一支。结论 构建了高质量的卵叶远志全叶绿体基因组，为卵叶远志的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础。

• 单位
  陕西国际商贸学院; 陕西中医药大学