紫芝栽培品种‘武芝2号’(‘紫芝S2’)全基因组测序及分析

作者：陈体强^*; 徐晓兰; 石林春; 钟礼义

来源：生物技术通报, 2021, 37(11): 42-56.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2021-1158

• 紫芝
• 栽培品种
• 全基因组测序
• 基因组组分
• 基因功能注释

采用 PacBio SMART技术并基于三代和二代数据(3+2策略)完成紫芝栽培品种‘武芝2号’(原名:S2)(通称‘紫芝S2’)基因组De novo测序、组装,完整地获得紫芝栽培品种‘武芝2号’(原名:S2)全基因组,序列总长度56.849 Mb,包括核基因组和线粒体基因组共72条Scaffolds。其中,核基因组16 681个基因,完成其中13 161个基因的注释,约占总数的78.89%;预测分析到4组串联重复的rRNA簇、405个非编码RNA 和3 305个启动子,并找到rpb2、beta-tubulin和18S,28S rRNA(SSU,LSU)等基因序列以及漆酶同工酶基因,鲨烯合酶、羊毛甾醇合酶基因与麦角甾醇合成代谢相关基因及其分布位置,为今后紫芝栽培品种(系)分子鉴定与菌株鉴别、功能基因的挖掘与利用提供可靠信息,同时也为其后续开展中国栽培灵芝种类的比较基因组学分析积累科学数据。

• 单位
  福建农林大学; 福建省农业科学院; 中国医学科学院药用植物研究所