胡椒瘟病生防菌Bacillus subtilis VD18R19全基因组测序及比较基因组学分析

作者：高圣风; 刘爱勤^*; 桑利伟; 孙世伟; 苟亚峰; 王政; 孟倩倩

来源：热带作物学报, 2018, 39(10): 2021-2027.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2018.10.019

• 枯草芽孢杆菌
• 全基因组测序
• 比较基因组学
• 抑菌物质
• 基因簇

Bacillus subtilis VD18R19具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发利用的重要基础。本研究采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌VD18R19进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析。结果发现,VD18R19全基因组大小为4123380bp,GC含量为43.80%,编码基因4 245个;含有tRNA 85个、rRNA 30个、sRNA 33个;含有串联重复序列60个,其中小卫星DNA 43个、微卫星DNA 1个;共线性分析、core-pan基因分析及基因家族分析结果均显示VD18R19与模式菌株B. subtilis 168具有高度的同源性;antiSMASH软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19菌株中含有6个抑菌次生代谢产物合成基因簇,编码surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosinA等抑菌物质,其合成途径涵盖了核糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径。本研究为深入研究生防菌VD18R19的分子机理奠定生物信息学基础,有利于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用。

• 单位
  中国热带农业科学院香料饮料研究所