2016年,中山大学南中国海考古研究中心对准格尔旗石口子遗址进行了首次发掘。此次发掘共清理朱开沟文化晚期的灰坑39个,房址1座,东周时期的墓葬5座,获陶、石、铜、铁、骨标本140余件。石口子遗址的发掘为认识内蒙古中南部地区朱开沟文化的内涵及发展脉络提供了新的材料。同时,此次发掘的5座东周时期墓葬,展现了内蒙古中南部地区在东周时期作为过渡地带文化面貌的复杂性。