激素性股骨头坏死中m6A相关基因差异性的鉴定

作者：原天祎; 刘洪江; 杨增强; 卢兴宝; 麦麦提依不巴吉; 周治衡; 崔泳^*

来源：中国组织工程研究, 2024, 28(14): 2159-2165.

• m6A甲基化
• 激素性股骨头坏死
• 生信分析
• 差异基因
• YTHDF2
• 富集分析

背景：已知m6A参与了多种疾病的发生与发展，研究推测其也参与了激素性股骨头坏死的病理改变，但m6A甲基化修饰在激素性股骨头坏死中的研究比较匮乏。目的：通过生物信息学的方法寻找m6A相关基因在激素性股骨头坏死中的差异性表达，并预测与其相关的miRNA，以进一步阐明m6A甲基化在激素性股骨头坏死中所发挥的作用和机制。方法：从GSE123568基因表达谱中分析激素性股骨头坏死与对照组差异基因的表达，通过R语言‘limma’包进行差异基因鉴定，并对差异基因进行功能富集分析。用R语言的‘ggstatsplot’包对相关基因进行差异性分析。通过GSE74089数据集对差异基因进行交叉验证。构建mRNA-miRNA调控网络。采用共表达分析对共表达模块进行聚类并对模块基因进行富集分析。采用ssGSEA方法对激素性股骨头坏死与对照组之间免疫细胞浸润的差异进行量化分析。结果与结论：(1)通过相关性分析发现13个m6A相关基因，进行PPI网络识别和受试者操作特征曲线进一步分析发现YTHDF2有望成为早期生物标志物的核心差异基因；(2)富集分析发现差异基因主要参与炎症反应和免疫应答，并与破骨细胞关系密切；(3)交叉验证分析2个数据集差异基因表达结果一致；(4)mRNA-miRNA调控网络分析发现YTHDF2与miRNA-27a呈负相关；(5)免疫浸润分析发现激素性股骨头坏死中免疫细胞浸润水平上升，YTHDF2与免疫细胞CD4+T细胞的浸润程度呈正相关；(6)结论：m6A相关基因YTHDF2可以作为激素性股骨头坏死潜在生物标志物，对激素性股骨头坏死的早期临床诊断和治疗具有一定的价值；验证了YTHDF2与miRNA-27a呈负相关，且与CD4+T细胞的浸润程度呈正相关，为激素性股骨头坏死的早期诊断和治疗提供新的思路，并为进一步阐明m6A在激素性股骨头坏死中发挥的作用机制提出新的见解。

• 单位
  新疆医科大学第五附属医院; 新疆医科大学