肝癌程序性死亡蛋白-1相关基因的生物信息学分析

作者：任倩倩; 朱鹏; 龚昭^*

来源：中华实验外科杂志, 2019, 36(12): 2190-2192.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1001-9030.2019.12.019

• 肝细胞癌
• 程序性死亡蛋白1
• 生物信息学
• 癌症基因组图谱

目的 筛选肝细胞癌中程序性死亡蛋白1 (PD-1)相关基因及生物学通路。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载369例肝细胞癌患者转库组测序(RNA-seq)数据,对PD-1相关基因进行基因本体(GO)生物进程分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),获得PD-1的关键靶基因,并对这些靶基因进行生存分析。结果 共筛选PD-1相关基因174个。功能富集分析表明这些基因共涉及239个生物学过程,12种细胞成分和12个分子功能,这些基因主要参与T细胞活化及调节、免疫缺陷、T细胞增殖等。同时筛选出10个肝细胞癌PD-1相关基因的靶基因,其中ZAP70和FASLG的低表达与肝细胞癌的不良预后显著相关(0.137±0.118比0.377±0.083,0.204±0.156比0.284±0.106,χ2＝6.900、4.400,P<0.05)。结论 PD-1相关基因为肝细胞癌免疫治疗提供新突破点。

• 单位
  武汉市第一医院; 华中科技大学同济医学院附属协和医院