应用克隆文库构建法研究枇杷根系AMF多样性

作者：尹利方; 任禛; 夏体渊; 朱维贤; 陈泽斌; 靳松; 颜家亮; 赵晓红

来源：西南农业学报, 2017, 30(05): 1009-1015.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2017.5.005

• 枇杷
• AMF
• 克隆文库
• 18S rRNA基因
• 系统发育分析

【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系DNA,进行18S r DNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3%,克隆文库的Shannon-Wiener指数为2.079,Simpson指数为0.87,且Rarefaction曲线比较饱和。9个序列分为了两个不同的类群,代表不同AMF种类;球囊霉属(Glomus)是枇杷根系的主要AMF类群,OUT1和OTU2代表了文库中的主要类型,其中OTU1为根内根生囊霉(Rhizophagus irregularis);OTU3、OTU4、OTU5和OTU6代表着文库中的常见类型;其余序列则为枇杷根系中的少见或稀有AMF类型。【结论】球囊霉属(Glomus)是枇杷根系的主要AMF类型,其中根内根生囊霉(Rhizophagus irregularis)为优势AMF种类。

• 单位
  昆明市农业科学研究院; 昆明学院