本发明公开了一种快速筛选高产细菌纤维素菌株的方法。该方法通过使用细菌纤维素来吸附刚果红的原理来筛选高产细菌纤维素菌株,属于微生物技术领域。所述方法包括以下步骤:产纤维素菌株经亚硝基胍NTG诱变后,用NaBr-NaBrO-3平板高通量初筛,动态发酵后进一步用刚果红吸附法进行高通量筛选后,三角瓶发酵复筛,筛选得到高产菌株。本方法与常用的通过测定纤维素的干重测定方法来筛选高产菌株的效率不同,大大提高了高产菌株的筛选效率。