本发明公开了一种针对滚版印刷系统的参数自整定方法、滚版印刷系统,方法包括在滚版印刷系统的闭环运行过程中,使用伪随机信号进行闭环辨识和低频校正,从而获得低频校正后的高阶数学模型;然后利用模型获取扰动分布信息并对其进行频谱分析,得到扰动频谱,再根据扰动频谱和模型进行控制器参数整定,整定后的控制器参数满足系统的抗干扰能力和稳定性要求。本发明解决了滚版印刷系统性能要求高、系统特性变化大、阶次高的问题,使系统在不同滚版负载下均能达到稳定性、跟踪性和抗干扰性的要求。