链球菌感染与银屑病加重相关基因与功能通路的生物信息学分析

作者：王婧宇; 王祎琳; 胡辉莹; 柏佳; 任丹; 马冠毅; 苏清; 赵华^*

来源：中华医院感染学杂志, 2023, 33(16): 2421-2426.

• 银屑病
• 链球菌感染
• 生物信息学分析
• 基因
• 功能通路
• 病情

目的 本研究拟在应用转录组测序得到的数据，探讨链球菌感染加重银屑病的可能基因。方法 基于链球菌感染与银屑病数据集(GSE158163, GSE14905),进行差异基因及功能通路富集分析。基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)找到银屑病及链球菌感染的关键模块，找出基于WGCNA的两个数据集的差异基因，并通过蛋白功能相似性筛选出排名前五的基因。随后构建出mRNA-miRNA关系网络。结果 GSE158163数据集筛选出上调基因1 614个，下调基因1 614个，GSE14905数据集筛选出上调基因1 568个，下调基因1 699个，得出271个交集基因；功能富集到炎症反应调节、白细胞活化、含胶原蛋白的细胞外基质等通路；随后构建WGCNA网络，得出37个交集基因与链球菌感染与银屑病相关；将这37个基因与之前差异表达的271个基因共同筛选，筛选出9个交集基因；在这9个基因中根据其表达蛋白功能的差异进一步筛选出排名前五的基因，分别为S100A9、S100A12、S100A8、LRG1以及TGFA。结论 本研究基于公共数据库筛选出了5个链球菌感染和银屑病相关的基因，并论述了这些基因的病理生理机制，推测它们对两个疾病的影响。

• 单位
  解放军总医院