基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌关键长链非编码RNA及其竞争性内源RNA网络构建

作者：李倩; 卢金磊; 王会新; 崔馨桐; 王建乔; 侯晓雯; 冯旭^*

来源：癌症进展, 2023, 21(01): 57-61.

• 结肠癌
• 长链非编码RNA
• 加权基因共表达网络分析
• 竞争性内源RNA

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法筛选与结肠癌可能相关的长链非编码RNA(lncRNA)，并构建其竞争性内源RNA(ceRNA)网络，为进一步探索结肠癌的机制提供依据。方法 在GEO数据库下载结肠癌GSE126092的数据信息，获得差异表达lncRNA。下载癌症基因组图谱（TCGA）数据库中结肠癌组织及结肠正常组织lncRNA的表达数据，通过WGCNA方法筛选出与结肠癌相关性最高的模块，与GEO差异表达lncRNA取交集筛选出结肠癌关键lncRNA，进一步构建这些lncRNA相关的ceRNA网络，对靶mRNA进行基因本位（GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 共筛选出6个在结肠癌组织和正常组织中具有差异表达的lncRNA：锌指NFX1结构1反义RNA1(ZFAS1),β1, 3-半乳糖基转移酶5反义RNA1(B3GALT5-AS1)，细胞色素P450家族1亚家族B成员1反义RNA1(CYP1B1-AS1)，二肽基肽酶样10反义RNA1(DPP10-AS1),VPS9包含域1反义RNA1(VPS9D1-AS1)和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2B反义RNA1(CDKN2B-AS1)，并构建了其相关ceRNA网络。GO功能分析结果显示，生物功能主要集中在DNA模板转录调控、RNA聚合酶Ⅱ基因启动子的转录调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录负向调控等；细胞功能主要集中在细胞核、突触、神经细胞体、突触后密集区和微管相关复合体；分子功能主要集中在核酸结合、金属离子结合、DNA结合等。KEGG富集分析结果显示，基因主要富集在癌症蛋白聚糖、磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）-蛋白激酶B(AKT)信号通路、Rap1信号通路和局部粘连等。结论 本研究通过WGCNA分析方法筛选出可能与结肠癌相关的lncRNA，并构建了其相关的ceRNA调控网络，可供后续实验验证。

• 单位
  沈阳医学院; 公共卫生学院